Grâce à son écosystème protégé, de nombreuses espèces vivent le long et dans la rivière. Les plus remarquables sont : la loutre d’Europe, la lamproie marine, la lamproie de Planer, le chabot et plusieurs espèces de chauves-souris.
De plus le Léguer est reconnu pour être l'une des principales rivières à saumons de France. On y recense aussi un grande population de truites. Le site de Kernansquillec est ouvert à la pêche en parcours no kill.
Ces espèces font l’objet de suivis scientifiques et bénéficient de l’action menée sur le Léguer pour lui redonner plus de naturalité et affirmer son caractère sauvage…